国家高新技术企业认定过程中，企业常遇到的问题主要包括以下几个方面：
一、知识产权方面
知识产权数量不足或质量不高：企业可能没有足够数量的知识产权来支撑高新技术企业的认定，或者拥有的知识产权技术含量较低，对主要产品（服务）的核心支持作用不明显。例如，有些企业仅拥有外观设计专利，而没有核心技术相关的发明专利或软件著作权。
知识产权与产品（服务）关联度不强：存在知识产权与企业实际经营的产品（服务）在技术领域上脱节的情况。例如，企业申报的知识产权是在A技术领域，但其主要产品（服务）却主要依赖B技术领域。
知识产权获取方式不符合要求：对于通过受让、受赠、并购等方式获得的知识产权，没有提供完整的产权变更手续等证明材料，或者这些知识产权在企业的实际应用和转化情况不明。
二、研发费用方面
研发费用归集不准确：企业在归集研发费用时，容易将非研发活动相关的费用计入研发费用，或者将一些间接费用分配不合理。例如，将生产车间的常规设备维护费用全部计入研发费用，而没有按照合理的分摊比例进行划分。
研发费用占比不符合要求：企业近三个会计年度的研究开发费用总额占同期销售收入总额的比例不符合规定。具体比例要求根据企业销售收入的不同而有所差异，如最近一年销售收入小于5000万元（含）的企业，比例不低于5%；最近一年销售收入在5000万元至2亿元（含）的企业，比例不低于4%；最近一年销售收入在2亿元以上的企业，比例不低于3%。
研发费用辅助账不规范：没有建立完善的研发费用辅助账，或者辅助账记录不详细、不准确，无法清晰地反映研发项目的费用支出情况。
三、高新技术产品（服务）收入方面
收入界定不准确：企业对高新技术产品（服务）收入的界定不清晰，将一些非高新技术产品（服务）的收入计入其中。例如，将包含高新技术成分较低的产品收入全部算作高新技术产品收入。
收入占比不符合要求：近一年高新技术产品（服务）收入占企业同期总收入的比例低于60%，无法满足认定条件。
收入证明材料不充分：缺乏足够的证明材料来证实高新技术产品（服务）收入，如销售合同、发票等没有明确体现产品（服务）的高新技术属性，或者没有对收入进行分类统计和说明。
四、科技人员方面
科技人员占比不足：企业从事研发和相关技术创新活动的科技人员占企业当年职工总数的比例低于10%。这可能是由于企业对科技人员的界定不准确，或者科技人员数量确实不足。
人员资质证明材料缺失或不完整：无法提供科技人员的学历证书、职称证书、劳动合同等有效证明材料，或者提供的材料不能充分证明其从事研发工作的身份。
五、其他常见问题
材料不完整：申报材料缺少必要的文件，如财务审计报告、知识产权证书、研发项目立项文件等。或者部分材料内容填写不完整，如企业基本信息、产品（服务）介绍等部分有遗漏。
材料真实性存疑：申报材料中的数据、内容存在夸大、虚假的情况。例如，虚增研发费用、高新技术产品（服务）收入等数据，或者伪造知识产权相关材料。
材料格式不符合要求：没有按照申报通知规定的格式编写申报材料，如字体、字号、行距不符合要求，文件的装订顺序错误等。
管理制度问题：部分企业在人事、财务等管理制度上存在漏洞，如账目混乱、管理制度松散等，可能导致审核专家对其产生疑虑并扣分。
申报经验不足：对于中小企业和第一次申报的企业而言，团队可能缺少申报资料编写的实操经验，不清楚材料具体应当如何准备。
针对以上问题，企业应在申请高新技术企业认定前进行充分的自我评估和准备，确保满足各项认定条件，并严格按照申报要求准备和提交相关材料。同时，企业还应加强内部管理，完善各项管理制度，提高申报资料的编写和整理能力，以增加成功认定的可能性。
